Genel Bilgi
Oligonükleotidler, kısa nükleotid dizileridir. Oligonükleotitler (primerler), PCR gibi birçok moleküler ve genetik işlemde kullanıldıkları gibi bir DNA zincirindeki baz dizilerini belirlemek ve DNA’daki mutasyonları tanımlamak için de kullanılabilirler.
Primerler kalite kontrol testine tabi tutulmaktadır. Oligonükleotid sentez prosesi, fosforamidit monomerlerle tetrazol katalizine dayanır.
Modifiye Oligonükleotidler
Sentez esnasında, oligonükleotid dizilerinin 5’ veya 3’ ucuna veya internal olarak dizinin ortasına boya/farklı kimyasal moleküller konjüge edilebilmektedir. Dizisinde rutin DNA bazları dışında bir molekül taşıyan oligonükleotidlere ‘modifiye oligonükleotid’ adı verilmektedir. Aşağıda listelenmiş modifikasyonlara sahip oligonükleotidler yer almaktadır. Tüm modifiye oligonükleotidler 100 nmol veya üstü skalada üretilmekte ve mutlaka HPLC saflaştırma yapılarak tarafınıza teslim edilmektedir.
-5’FAM
-5’HEX
-5’TET
-5’JOE
-5’ Biotin
-5’Amine
-5’Fosfat
-5’Thiol
-3’TAMRA
-3’Amine
Primer Purifikasyon Yöntemleri
Desalting
Desalting işlemi sırasında sentez sırasındaki yan ürünleri ve kalıntıları temizlemek için kullanılır.İstenilen uzunluktaki oligoların ezici çoğunluğu kısa dizilere karşı ağır basar. 35 baz ve daha kısa oligolar için, PCR uygulamalrında kullanıcak oligolar da dahil olmak üzere birçok uygulama için bu yöntem kullanılabilir.
OPC
OPC yöntemi ile hatalı sekanslar, yan ürünler, kirlilikler elenir. Bu yöntem ile elde edilen primerler sekans, PCR, hibridizasyon probları için ce gen sentezi için kullanılabilir. 70 Baz uzunluğundaki nükleotidlere kadar OPC purifikasyonu tavsiye edilir.
HPLC
Ayırma yönteminin temeli istenilen uzunluktaki ürün (5'-DMT grubu içeren) ve kısa diziler (DMT grupları olmayan) arasındaki hidrofobik farka dayanmaktadır. İstenilen uzunluktaki DMT oligo kolon üzerinde muhafaza edilir iken, kısa diziler yıkanır.Daha sonra DMT parçalama metodu ile, beklenen ürün elde edilir.
Floroforlu oligoların saflaştırılması için verimli bir yöntemdir. Floroforların lipofilik özelliği sentez sonrası oluşan kirliliklerin ayrılması için mükemmel bir ortam oluşturur. Ayrıca, RP-HPLC büyük ölçekler tercih edilen bir yöntemdir. Lipofiteye dayalı ayırma oligo uzunluğunu azaltacağı için 50 baz üzerindeki oligolar için tavsiye edilmez. Fakat 80 baza kadar saflığı ve miktarı azalarak purifikasyon yapılabilir.
Teslimat Bilgileri
1- Primer ve problar liyofilize olarak vida kapaklı tüplerde teslim edilmektedir.
2- Primer kalite kontrolü kütle spektrofotometresi ile yapılmış olarak kalite sertifikası ile birlikte teslim edilmektedir.
3- Her tüpün üzerinde bulunan etiketlerde ; Üreticinin Adı, Sekans dizisi, konsantrasyonu ve sulandırma bilgisi, O.D. , Tm değeri, MW değeri, primer veya prob’un adı yazmaktadır.
4- Otomatik DNA dizi analizi, real time PCR sistemleri ve farklı dalga boyunda spektrofotometrik çalışmalar için çok çeşitli floresan boyaları sağlamaktadır.
|
Saklama Koşulları
|
Sıcaklıkk
|
Maksimum Depolama Süresi
|
| Liyofilize |
- 20 C / + 4 |
< 1 yıl |
| Liyofilize |
Oda Sıcaklığı
|
≤ 1 ay
|
|
Çözünmüş
|
- 20 C |
< 6 ay |
|
Çözünmüş
|
Oda Sıcaklığı
|
≤ 1 hafta
|
| Sekans Skalası |
Standart |
OPC |
HPLC |
| 50 nmol |
• |
• |
• |
| 100 nmol |
• |
• |
• |
| 200 nmol |
• |
• |
• |
